بنفي عمر مكرم لم يَبقَ أمام محمد علي باشا إلَّا المماليك لينفرد بالحكم دون منافسة؛ فقد كان المماليك في هذا الوقت يرون أنهم الأحق بحكم مصر، وكانوا دائمي التمرُّد والإزعاج، ولم تنفع معهم محاولات الصلح ولا الإرضاء بالأموال التي قام بها محمد علي باشا معهم، حتى إنه قام باسترضاء مراد بك زعيم المماليك، وأعطاه حكم الصعيد مقابل مبلغ من المال، واشترط عليه عدم مُساعَدة المماليك للبريطانيين، لكن لم يُجدِ هذا معهم.

وجاءت الفرصة لمحمد علي باشا عندما طَلب منه السلطان العثماني التوجُّه إلى الحجاز لمحاربة الحركة الوهابية، ولكنه استشعر القلق؛ حيث إنه إذا خرج بجيشه للحرب فسيترك البلاد دون حماية، وقد يستغل المماليك الفرصة وينقضُّوا على الحكم.

لذلك فكَّر محمد علي باشا في أن يحوِّل مخاوفه هذه إلى فرصة للقضاء على المماليك، فأرسل إلى أعيان المماليك وزعمائهم يدعوهم إلى الحضور إلى القلعة بحجة أنه سوف يُقيم حفلًا كبيرًا بمناسبة خروج الجيش بقيادة ابنه طوسون إلى الحجاز لمحاربة الوهابيين، وذهبت الدعوة إلى المماليك في كلِّ أرجاء مصر، ولم يشكَّ زعماء المماليك في نوايا محمد علي باشا.

وفي الأول من مارس عام ١٨١١م بعد انتهاء الحفل الذي أعدَّه محمد علي باشا، دعا المماليك للخروج لتوديع الجيش من أبواب القلعة، وقد اختار محمد علي باشا الخروج من باب العزب؛ لأن الطريق الذي يؤدِّي إلى هذا الباب ما هو إلَّا ممرٌّ صخريٌّ منحدِر تُحيط به الصخور على الجانبين؛ ومن ثَمَّ لا وجود لمَخرَج أو مَهرَب للمماليك، وتقرَّر أن يسير في نهاية الجيش زعماء وقادة المماليك، ومِن خلفهم يسير الفرسان، وبعد خروج جيش المشاة من باب القلعة أُغلِقت جميع أبواب القلعة، وحاصر رجال محمد علي باشا المماليك من كل جانب، وأطلقوا عليهم وابلًا من الرصاص حتى قضَوْا عليهم جميعًا.

وعندما علم الناس بما حدث في القلعة أُقفِلت الدكاكين والأسواق، واختبئوا في بيوتهم، وخَلَت الشوارع من المارَّة، وانتشرت جماعات من الجنود الأرناءوط في أنحاء القاهرة يقتلون كلَّ مَن يلقَوْنه من المماليك وأتباعهم، ويقتحمون بيوتهم فينهبوا ما تَصِل إليه أيديهم، واستمرَّ هذا الحال لمدَّة ثلاثة أيام، وهكذا انفرد محمد علي باشا بحكم مصر دون منافس له.