يستهدف قانون الخدمة المدنية الجديد بعد تعديله، القضاء على تفاوت الأجور بين الموظفين المدنيين، حيث إن أهم ما جاء فى القانون الجديد هو تطوير جدول الأجور من خلال وضع منظومة جديدة للأجر تتضمن عنصرين فقط، (أجر وظيفى، وأجر مكمل)، ويمثل الأجر الوظيفى 75% من إجمالى الأجر.
أما الأجر المكمل سوف يكون بقرار مركزى يصدر من رئيس مجلس الوزراء يسرى على جميع الجهات المخاطبة بأحكام القانون، وهو ما يؤدى بالطبع إلى القضاء على التفاوت فى الأجور بين هذه الجهات، حيث تنص المادة 41 على: "يصدر بنظام الأجر المكمل، قرار من رئيس مجلس الوزراء بمراعاة طبيعة عمل كل وحدة ونوعية الوظائف بها وطبيعة اختصاصاتها ومعدلات أداء موظفيها بحسب الأحوال بناء على عرض الوزير المختص بعد موافقة وزير المالية".

وتعد نسبة العلاوة السنوية بقانون الخدمة المدنية أحد أسباب رفض القانون من البرلمان أثناء مناقشة القرارات بقوانين، حيث كانت نسبة العلاوة السنوية 5% إلى أن تدخل مجلس النواب وأجبر الحكومة على زيادة العلاوة السنوية لـ7%، ويتم حساب العلاوة السنوية على الأجر الوظيفى (75% من أجر الموظف)، حيث تنص المادة 37 على: "يستحق الموظف علاوة دورية سنوية فى الأول من يوليو التالى لانقضاء سنة من تاريخ شغل الوظيفة أو من تاريخ استحقاق العلاوة الدورية السابقة، بنسبة 7% على الأقل من الأجر الوظيفى".